Plateforme pour l’eau, le gaz et la chaleur
Article technique
03. mai 2023

Progetto Fiumi:

Inventaire standardisé de la biodiversité piscicole dans les cours d'eau suisses

La biodiversité des cours d'eau est fortement menacée. Or pour pouvoir la protéger, il faut tout d'abord la connaître. Pour cela, une étude standardisée de la diversité sur tout le territoire s'impose. De même, il est un besoin urgent de connaissances pointues de taxonomie pour pouvoir la détecter. Les habitats aquatiques des espèces menacées, en particulier, doivent être mieux protégés et restaurés.
Jakob  Brodersen, Johannes Hellmann, Pascal Vonlanthen, Ole Seehausen, 

La biodiversit√© est essentielle √† la vie des √™tres humains. Elle comprend la diversit√© des habitats, des esp√®ces et des g√®nes ainsi que de leurs interactions [1]. Nous avons besoin d'√©cosyst√®mes diversifi√©s et fonctionnels pour notre alimentation, pour la r√©gulation du climat et pour la production d'air pur et d'eau propre. Les diff√©rentes esp√®ces ont souvent diff√©rentes fonctions au sein d'un √©cosyst√®me. Leur diversit√© augmente ainsi l'efficacit√© avec laquelle leur communaut√© utilise les ressources disponibles [2]. De plus, un nombre √©lev√© d'esp√®ces (et donc une forte biodiversit√©) cr√©e une redondance dans l'occupation des fonctions, ce qui accro√ģt la stabilit√© des services √©cosyst√©miques [3, 4].

Diversité exceptionnelle des espèces de poissons en Suisse

En raison de sa position g√©ographique tr√®s centrale, la Suisse pr√©sente cinq bassins hydrographiques qui drainent ses eaux vers quatre mers diff√©rentes. Cette particularit√© lui vaut une diversit√© exceptionnelle d'esp√®ces de poissons [5]. Cela est d√Ľ au fait que, dans ces bassins, les esp√®ces se sont form√©es isol√©ment pendant des centaines de milliers d'ann√©es et n'ont pu coloniser la Suisse qu'apr√®s le retrait des glaciers de la derni√®re √©poque glaciaire. Mais cette diversit√© est aujourd'hui fortement menac√©e alors que notre plan√®te conna√ģt sa sixi√®me extinction de masse. La Terre n'a connu que cinq autres √©pisodes o√Ļ un nombre aussi √©lev√© d'esp√®ces v√©g√©tales et animales disparaissait annuellement [6]. Mais alors que les autres extinctions de masse ont √©t√© provoqu√©es par des catastrophes naturelles, des impacts de m√©t√©orites ou des √©ruptions volcaniques, l'extinction actuelle est due √† l'esp√®ce humaine [6].

La perte de biodiversit√© entra√ģne in√©luctablement une perte de services √©cosyst√©miques hautement probl√©matique pour l'humanit√©. Il est donc absolument prioritaire de la pr√©server [7].

Avec sa forte densité de population, son long passé de modification des milieux naturels et sa diversité spécifique originellement très élevée, la Suisse est un hot-spot potentiel de perte de biodiversité aquatique. Il est donc peu surprenant que, parmi les pays industrialisés, la Suisse totalise affiche la plus forte proportion d'espèces menacées [8]. Ne serait-ce qu'au cours du siècle dernier, neuf espèces de poissons se sont éteintes en Suisse [9] et ce, sans compter les espèces endémiques de corégones et d'ombles disparues [10]. On considère aujourd'hui (situation de 2022) que 65% des espèces piscicoles indigènes sont éteintes, menacées d'extinction, fortement menacées ou menacées [9].

La biodiversit√© aquatique est ainsi fortement menac√©e et doit √™tre mieux prot√©g√©e. Mais pour pouvoir la prot√©ger efficacement, il faut aussi qu'elle soit connue. Or une partie de la biodiversit√© des poissons suisses est encore inconnue et sa diminution √©ventuelle ne peut donc √™tre enregistr√©e. La connaissance des particularit√©s locales ‚Äē c'est-√†-dire aussi des variations intrasp√©cifiques ‚Äē et leur prise en compte dans les politiques de protection et de gestion de la faune piscicole peuvent aider √† mieux lutter contre une poursuite de la perte de biodiversit√©. De plus, le recensement de la biodiversit√© √† un niveau √©lev√© de pr√©cision taxonomique donne une meilleure possibilit√© aux d√©cideurs d'axer les efforts de protection sur les esp√®ces r√©ellement les plus menac√©es.

Objectifs du Progetto Fiumi

Jusqu'√† r√©cemment, la majeure partie des esp√®ces de poissons vivant dans les cours d'eau suisses n'avaient jamais √©t√© √©tudi√©es sur le plan morphologique et g√©n√©tique. Pour conna√ģtre la biodiversit√© de nos poissons de rivi√®re, il √©tait donc n√©cessaire de r√©aliser des √©chantillonnages et des √©tudes standardis√©es sur tout le territoire. C'est ce qui a √©t√© fait pour la premi√®re fois dans le Progetto Fiumi. Le projet poursuivait les objectifs suivants:

Recensement de la biodiversité

Le principal objectif du Progetto Fiumi était d'enregistrer la biodiversité de la faune piscicole des cours d'eau suisses à tous les niveaux, à savoir ceux des individus, des populations, des espèces et des communautés. Pour la première fois, les biologistes ont cherché à prendre note de la diversité au sein des espèces et de celle d'espèces apparentées. Pour la diversité intraspécifique, la diversité génétique a principalement été prise ne compte, mais aussi la variabilité morphologique et la diversité de positions au sein du réseau trophique. Le but n'était pas d'obtenir une évaluation définitive de l'état de la biodiversité dans les cours d'eau suisses mais d'enregistrer des données dans toute la Suisse afin de créer une base pour de futures études.

Enregistrement des variables environnementales

Pour pouvoir protéger la biodiversité observée, il faut également comprendre ses relations avec les conditions environnementales. En plus des poissons, des données ont donc été recueillies sur les insectes, les algues et différents paramètres environnementaux.

Constitution d'une collection pour le présent et le futur

Jusqu'√† pr√©sent, la majeure partie des esp√®ces de poissons de la Suisse n'avaient jamais √©t√© √©tudi√©es sur le plan morphologique √† l'√©chelle du pays. √Čtant donn√© que nous ignorons quelles m√©thodes seront disponibles dans le futur pour √©tudier la diversit√© sp√©cifique, il est important de collecter aujourd'hui des sp√©cimens de poissons et des √©chantillons de tissus. Le mat√©riel collect√© pourra plus tard √™tre √©tudi√© avec les m√©thodes du moment. Dans cette optique, une partie des poissons captur√©s pour les inventaires ont √©t√© pr√©par√©s pour √™tre conserv√©s. De m√™me, des photos standardis√©es ont √©t√© prises et des √©chantillons de tissus archiv√©s. Cette collection de r√©f√©rence est √† la disposition des scientifiques pour de futures √©tudes.

Méthodes

Sites d'étude

Pendant les cinq ans qu'a dur√© le projet (2013‚Äď2017), 324 sites ont √©t√© √©tudi√©s (fig. 1) dans des cours d'eau couvrant une tr√®s large palette de types de cours d'eau, d'altitude et de degr√© d'influence anthropique (voir [11] pour plus de d√©tails).

√Čchantillonnage par p√™che

L√† o√Ļ cela √©tait techniquement possible, le peuplement pisciaire a √©t√© recens√© par une p√™che exhaustive √† l'√©lectricit√© (fig. 2) effectu√©e par trois passages successifs sur 50-100 m. Les cours d'eau pouvant √™tre parcourus √† pied mais trop larges pour deux anodes, pr√©sentant des zones trop profondes ou trop de courant ont √©t√© p√™ch√©s de mani√®re semi-quantitative (un seul passage, pas de barri√®re). Les grands cours d'eau non prospectables √† pied ont √©t√© p√™ch√©s √† partir d'une embarcation √©quip√©e d'une anode fix√©e √† l'avant du bateau. Pour ce faire, douze bandes pr√©sentant les diff√©rents habitats dans des proportions typiques ont √©t√© s√©lectionn√©es dans un tron√ßon de quelques centaines de m√®tres √† deux kilom√®tres de long puis p√™ch√©es √† l'√©lectricit√©. Des √©chantillonnages qualitatifs ont par ailleurs √©t√© effectu√©s pour cibler des esp√®ces et des habitats pr√©cis.

√Čchantillons et donn√©es collect√©s

Tous les poissons captur√©s ont √©t√© d√©termin√©s au niveau de l'esp√®ce sur le terrain sur des crit√®res morphologiques. La d√©termination des individus de groupes d'esp√®ces difficiles √† distinguer a d√Ľ √™tre v√©rifi√©e au laboratoire ou √† partir des photos. Sur chaque site, jusqu'√† 30 individus de chaque esp√®ce ont √©t√© choisis pour la collection et euthanasi√©s au MS 222. Tous les autres poissons ont √©t√© rel√Ęch√©s. Les individus d'esp√®ces menac√©es ont √©galement √©t√© syst√©matiquement rel√Ęch√©s apr√®s avoir √©t√© √©chantillonn√©s, photographi√©s et mesur√©s sous anesth√©sie. Chaque sp√©cimen destin√© √† la collection a √©t√© photographi√© plusieurs fois (fig. 3) et fait l'objet de pr√©l√®vements.

En compl√©ment, divers √©chantillons environnementaux ont √©t√© pr√©lev√©s sur chaque site et diff√©rentes variables environnementales mesur√©es [11]: les poissons et les √©chantillons d'ADN (pr√©lev√©s dans les nageoires) ont √©t√© int√©gr√©s √† la collection du Mus√©e d'histoire naturelle de la Bourgeoisie de Berne et peuvent m√™me √™tre admir√©s dans l'exposition permanente ¬ęcabinet de curiosit√©s¬Ľ. Tous les autres √©chantillons sont conserv√©s dans les locaux de l'Eawag √† Kastanienbaum.

Sélection de résultats

Dans la cadre du Progetto Fiumi, plus de 12'000 √©chantillons d'ADN, de 10'000 poissons entiers, de 5000 √©chantillons d'√©cailles (pour les analyses de croissance) et de 6‚Äô000 √©chantillons d'organes ont √©t√© archiv√©s pour de futures √©tudes. Gr√Ęce aux donn√©es collect√©es, les premi√®res analyses descriptives des traits g√©n√©raux de la diversit√© piscicole des cours d'eau suisses ont √©t√© possibles. Une s√©lection de r√©sultats est pr√©sent√©e dans les passages qui suivent. Les r√©sultats et les √©chantillons disponibles sont d√©crits dans leur totalit√© dans le rapport de synth√®se du Progetto Fiumi [11].

Diversité spécifique et communautés observées

Au total, plus de 50 espèces de 39 genres ont été recensées. Le nombre d'individus de chaque espèce et groupe d'espèces est indiqué dans la figure 4. Quelques espèces ont été observées très fréquemment alors que d'autres ne se rencontraient que très rarement dans les captures. Cette image ne correspond cependant pas nécessairement à la réalité de leur présence en Suisse. En effet, beaucoup des cours d'eau étudiés se situaient dans la zone à truites ; il est donc possible que les espèces de cette zone piscicole soient surreprésentées. Chez certaines espèces difficiles à déterminer, tous les individus n'ont pas encore été examinés au laboratoire; ils sont alors rassemblés sous le nom du genre (p. ex. Salmo spp.).

Si l'on consid√®re la diversit√© cours d'eau par cours d'eau, il appara√ģt que beaucoup de rivi√®res n'abritent qu'un petit nombre d'esp√®ces et que peu d'entre elles en ont beaucoup (fig. 5). Ainsi, 17 sites n'ont permis aucune capture et 158 sites n'ont permis la capture que d'une seule esp√®ce (en g√©n√©ral la truite atlantique Salmo trutta). Seuls 16 sites pr√©sentaient plus de dix esp√®ces. Ces sites riches en esp√®ces se situaient en g√©n√©ral dans les grands cours d'eau de plaine, entre 230 et 470 m d'altitude, ou √† proximit√© des lacs. Le plus grand nombre d'esp√®ces a √©t√© observ√© dans les grandes retenues fluviales pr√©sentant un habitat quasiment lacustre. Cela ne signifie cependant pas que les retenues fluviales aient une valeur particuli√®re pour la diversit√© piscicole de leur r√©gion. Au contraire, cette valeur serait plut√īt n√©gative puisque les esp√®ces qui vivent dans ces zones de retenue sont g√©n√©ralement des esp√®ces tr√®s fr√©quentes dans les lacs. Les esp√®ces menac√©es, qui n√©cessitent des milieux connect√©s sur de longues distances et un courant assez fort, en sont g√©n√©ralement absentes. Les petits ruisseaux abritent habituellement peu d'esp√®ces, en particulier en altitude, et les rivi√®res moyennes en pr√©sentent un nombre moyen (fig. 5).

Dans l'√©tude des communaut√©s (fig. 6), les familles ou genres ont √©t√© consid√©r√©s comme dominants si plus de 40% des poissons d'un site appartenaient √† ce taxon. Il appara√ģt de mani√®re frappante qu'une grande majorit√© des sites est domin√©e par les truites (en g√©n√©ral S. trutta). Environ 20¬†% des sites sont domin√©s par des chabots ou des cyprinid√©s. Certains sites sont domin√©s par des esp√®ces d'autres genres ou familles et certains autres ne pr√©sentent pas de taxon dominant.

Les cours d'eau suisses pr√©sentent une grande vari√©t√© de communaut√©s piscicoles. Alors que certaines combinaisons de peu d'esp√®ces se retrouvent sur de nombreux sites (truite atlantique et chabot, par exemple), certaines communaut√©s bien particuli√®res et riches en esp√®ces ne se rencontrent qu'√† un seul endroit ou sur un petit nombre de sites. Sur les 88 communaut√©s diff√©rentes observ√©es, seules 14 ont √©t√© rencontr√©es sur plus d'un site (fig. 7). Les petits cours d'eau d'altitude sont g√©n√©ralement domin√©s par les truites ou les chabots et se distinguent peu par la composition de leur communaut√© piscicole. Bien que beaucoup de petits ruisseaux soient naturellement pauvres en esp√®ces, ils peuvent contribuer √† une forte diversit√© gamma intrasp√©cifique. De leur c√īt√©, les cours d'eau moyens pr√©sentent toujours une plus forte variation entre les sites et donc de plus grandes diff√©rences entre les communaut√©s (diversit√© b√™ta).

Diversité au sein de certains genres

Les études en cours révèlent des traits jusqu'alors inconnus de la biodiversité des poissons. Ainsi, la détermination des espèces sans la prise en compte de données taxonomiques et génétiques détaillées conduit à des erreurs au sein de plusieurs genres (voir aussi [5]). Les résultats concernant cet aspect sont brièvement présentés ci-après pour trois genres. Les rapports de synthèse du Projet Lac et du Progetto Fiumi en présentent d'autres [11, 13].

Truites (Salmo spp.)

Le genre des truites est celui qui a, de loin, été capturé sur le plus grand nombre de sites (fig. 8). Les truites capturées appartiennent à cinq lignées évolutives différentes [14]. L'espèce la plus répandue et la plus fréquente est la truite atlantique (Salmo trutta) qui, à l'origine, n'était indigène en Suisse que dans le système Aar-Rhin et dans le bassin lémanique et qui est aujourd'hui commune dans toute la Suisse en raison d'introductions volontaires [15]. L'espèce du bassin du Doubs est la truite zébrée qui appartient à la lignée rhodanienne (Salmo rhodanensis). Le bassin adriatique était autrefois occupé par deux autres espèces, la truite marbrée ou marmorata (Salmo marmoratus) et la truite adriatique (Salmo cenerinus). La cinquième espèce est la truite du Danube (Salmo labrax) dont l'aire de répartition naturelle se situe dans l'Inn et ses affluents d'Engadine.

Toutes les espèces de truites sauf S. trutta sont en grande difficulté suite à l'introduction de S. trutta dans tous les bassins versants. S. cenerinus est ainsi menacée d'extinction [9] car elle a été supplantée par S. trutta dans la quasi totalité de son aire de répartition en Suisse. Cette espèce n'a plus été détectée que dans le Poschiavino et un cours d'eau du canton du Tessin [13, 16].

Chabots (Cottus spp.)

On pensait jusqu'à récemment que la Suisse ne comptait qu'une seule espèce de chabot, à savoir Cottus gobio. Des analyses génétiques ont maintenant révélé que la Suisse a connu plusieurs vagues de colonisation par des lignées génétiquement distinctes. Les chabots du Doubs, du bassin adriatique et du système Aar/Rhin appartiennent ainsi à trois lignées différentes [17]. Qui plus est, le bassin de l'Aar/Rhin a apparemment été colonisé en deux vagues successives, si bien que les lacs du bassin versant de l'Aar abritent une lignée tandis que les cours d'eau du même bassin situés en aval des lacs préalpins, ainsi que le lac Léman et le lac de Constance, en abritent une autre [17]. Le bassin du Rhin et le bassin rhodanien du lac Léman ont été temporairement reliés entre eux au cours des derniers milliers d'années. Ces deux types de chabots se distinguent aussi souvent par leur phénotype. D'autre part, dans certains lacs du bassin de l'Aar, une spéciation écologique s'est produite chez les chabots lacustres, si bien que des formes différentes sont apparues sur le littoral et en eau profonde. Ces deux formes se distinguent sur le plan phénotypique et, du moins dans un des cas, génétique [17]. Tous ces résultats semblent indiquer que les eaux suisses sont aujourd'hui peuplées par différentes espèces de chabots qu'il convient maintenant de caractériser sur le plan taxonomique.

Loches (Barbatula spp.)

Des loches ont √©t√© captur√©es sur de nombreux sites dans tous les bassins √† l'exception de ceux du P√ī et de l'Adige. Jusqu'√† pr√©sent, toutes les loches de Suisse avaient √©t√© rattach√©es √† une seule esp√®ce, √† savoir la loche franche (Barbatula barbatula) [14]. Les analyses g√©n√©tiques effectu√©es sur les √©chantillons collect√©s en Suisse attestent maintenant de la pr√©sence de trois lign√©es mitochondriales qui correspondent tr√®s probablement √† trois esp√®ces de loches diff√©rentes. L'une d'elles a √©t√© identifi√©e comme √©tant B. quignardi. On pensait jusqu'√† pr√©sent son aire de r√©partition limit√©e au sud de la France, √† l'ouest du Rh√īne, d'o√Ļ son nom de loche du Languedoc. Cette esp√®ce a maintenant aussi √©t√© recens√©e dans le lac de Chalain, dans le L√©man [13] et dans l'Allaine. Par ailleurs, une autre lign√©e de loche a √©t√© d√©tect√©e dans tous les grands lacs du syst√®me de l'Aar et de la Limmat. Elle est apparent√©e √† B. quignardi mais s'est d√©velopp√©e ind√©pendamment de cette derni√®re pendant plusieurs millions d'ann√©es. En m√™me temps, une lign√©e apparent√©e mais encore plus √©loign√©e a √©t√© d√©couverte dans tous les cours d'eau de cette r√©gion ainsi que dans le L√©man et le lac de Constance [13]. La taxonomie des loches de Suisse doit donc, elle aussi, √™tre imp√©rativement r√©examin√©e.

Problématiques locales
Les truites des Grisons

En plus des analyses à l'échelle de la Suisse, des questions concernant la protection de la biodiversité ont également été traitées dans des zones géographiques plus limitées. Ainsi, 722 truites de différents bassins versants des Grisons ont été étudiées sur le plan génétique à partir de leur ADN mitochondrial. Les résultats montrent que tous les haplotypes des espèces de truites identifiées en Suisse sont présents dans le canton des Grisons (fig. 9). L'haplotype rhénan est également dominant dans les bassins de l'Adriatique et du Danube. Les études montrent qu'un brassage des truites de différentes lignées a eu lieu en Engadine. Cela a certainement eu un effet sur l'aspect des truites de cette région. En Engadine, en effet, les truites présentent une plus grande diversité de couleurs qu'ailleurs dans le canton (fig. 10).

Ruisseaux alimentés par les eaux souterraines ou les eaux de surface

Les ruisseaux alimentés par les eaux souterraines se distinguent de ceux alimentés par les eaux de surface au niveau du régime thermique, de la vitesse du courant, du débit, du substrat et de la nourriture disponible. Cela peut donner lieu à des adaptations spécifiques chez les poissons. Pour en savoir plus, les paramètres environnementaux, les macroinvertébrés et les données génétiques, morphologiques, phénotypiques et relatives au contenu stomacal des poissons ont été étudiés dans plusieurs cours d'eau des deux types du bassin du lac des Quatre-Cantons.

Les résultats attestent de la présence, dans les ruisseaux alimentés par les eaux souterraines, de truites beaucoup plus foncées et au corps plus haut que dans les ruisseaux alimentés par les eaux de surface (fig. 11) [18]. Des différences ont également été observées au niveau du comportement alimentaire. Ainsi, le degré de spécialisation sur certaines proies est significativement plus élevé dans les cours d'eau alimentés pas les nappes [19]. Ces différences locales sont très importantes pour la gestion piscicole; elles peuvent avoir une influence significative sur les chances de survie des poissons [20].

Truites dépourvues de points

Les autorités vaudoises ont observé une population de truites très particulières dans le cours supérieur de la Bioleyre, un affluent de la Broye. En effet, ces truites ne présentent pas de points caractéristiques sur les flancs. La partie inférieure du cours d'eau ne comporte, quant à elle, que des truites à points. Entre les deux, on observe une zone intermédiaire abritant les deux phénotypes ou un mélange des deux (fig.12).

Les individus de diff√©rents sites pr√©sentant des ph√©notypes diff√©rents ont √©t√© √©tudi√©s en d√©tail. Les r√©sultats sugg√®rent l'existence de diff√©rences g√©n√©tiques entre les populations √† points et sans points (fig. 13). Apparemment, des √©changes de g√®nes se produisent l√† o√Ļ les deux types de truites coexistent. On ne sait pas encore exactement si la population au ph√©notype sans points s'est d√©velopp√©e dans la Bioleyre ou si elle a √©t√© introduite. Mais quoi qu'il en soit, cette particularit√© doit absolument √™tre prise en compte dans la gestion halieutique du cours d'eau.

Impact écologique des petites centrales hydrauliques

Les prises d'eau nécessaires au fonctionnement des petites centrales hydrauliques donnent souvent naissance à des tronçons court-circuités au débit résiduel fort diminué. La réduction du débit et la rétention du charriage au niveau du barrage ont une forte influence sur le cours d'eau [21, 22] et sur les organismes qui y vivent. Les effets écologiques de ces centrales sur la faune des ruisseaux de montagne ont pourtant été peu étudiés jusqu'à présent.

À l'automne des années 2014 et 2015, les caractéristiques de l'habitat, la communauté d'invertébrés et la population de truites ont été étudiées à trois endroits-clés au niveau de huit petites centrales hydrauliques (centrales au fil de l'eau avec tronçon à débit résiduel) (fig. 14). Les résultats montrent que les tronçons court-circuités tendent à présenter une moindre densité de macroinvertébrés sensibles (éphémères, plécoptères et trichoptères). À une exception près (présence d'ombles du lac de Palpuogna au niveau de la centrale de Preda au col de l'Albula), les truites étaient les seuls poissons présents au niveau des petites centrales hydrauliques. Aucune différence systématique n'a été constatée en ce qui concerne la densité de la population de truites. En revanche, leur masse corporelle rapportée à leur taille était plus faible dans beaucoup de tronçons court-circuités (fig. 14).

Conclusion

Le Progetto Fiumi était avant tout un projet de terrain visant principalement à constituer une collection de référence représentative des espèces et populations de poissons des cours d'eau suisses. La stratégie choisie était d'effectuer des prélèvements sur le plus grand nombre possible de sites afin de collecter le plus grand nombre possible d'informations et d'échantillons. Combinée aux données environnementales également relevées sur tout le territoire, cette collection constitue une excellente base de travail pour de futures analyses de la biodiversité piscicole des cours d'eau. Cette dernière est déjà fortement menacée en Suisse et le réchauffement climatique associé aux autres pressions anthropogéniques devrait encore aggraver la situation à l'avenir.

Ces derni√®res ann√©es, les milieux sp√©cialis√©s ont pris une conscience accrue de la n√©cessit√© absolue d'une meilleure connaissance de la diversit√© des esp√®ces et des sp√©cificit√©s des populations vivant localement dans les diff√©rents milieux aquatiques. Les analyses g√©n√©tiques effectu√©es dans le Progetto Fiumi et le Projet Lac ont r√©v√©l√© qu'il √©tait souvent insuffisant d'identifier les esp√®ces sur le terrain pour √©valuer correctement la biodiversit√© des poissons. En effet, une part consid√©rable de la diversit√© piscicole de la Suisse passe souvent inaper√ßue lors de l'examen sur le terrain et ne peut se r√©v√©ler que par une analyse ph√©notypique et g√©n√©tique approfondie effectu√©e au laboratoire. Cette diversit√© ¬ęcach√©e¬Ľ se retrouve entre les esp√®ces de nombreux genres (notamment Barbatula, Gobio, Phoxinus, Cottus, Salmo) ainsi qu'entre les populations d'une m√™me esp√®ce (comme chez les truites avec ou sans points de la Bioleyre), mais aussi entre certains ph√©notypes et g√©notypes d'une m√™me population. Pour pouvoir constater, anticiper et √©viter les pertes de biodiversit√© au niveau des poissons et des populations pr√©sentant des adaptations locales, il est indispensable de pouvoir effectuer une d√©termination fiable au niveau de l'esp√®ce et de bien comprendre les m√©canismes pr√©sidant √† cette diversit√© et √† son maintien. C'est √† cette seule condition que la diversit√© des poissons pourra √™tre suffisamment prot√©g√©e en Suisse.

Recommandations

Il est absolument indispensable de disposer de connaissances approfondies en mati√®re de taxonomie pour assurer une identification fiable des esp√®ces de poissons. Il convient donc de conserver cette comp√©tence l√† o√Ļ elle existe et de la d√©velopper l√† o√Ļ elle est insuffisante. En outre, il est n√©cessaire de recourir plus souvent √† une combinaison de m√©thodes g√©n√©tiques et morphologiques. Ainsi, il sera possible d‚Äô√©tudier la biodiversit√© de mani√®re globale et d‚Äôy d√©celer des changements de mani√®re pr√©coce. Pour pouvoir suivre et noter l'√©volution future de la biodiversit√© piscicole, il serait par ailleurs pertinent de rassembler tous les r√©sultats de p√™ches d'inventaire standardis√©es et tous les signalements d'esp√®ces dans une base de donn√©es accessible √† tous. La base de donn√©es des lacs et cours d'eau √©tablie par la Su√®de en donne un bon exemple. Cette base de donn√©es met √† la disposition de la population su√©doise la totalit√© des donn√©es r√©sultant des p√™ches d'inventaire effectu√©es dans des milliers de lacs et cours d'eau. En Su√®de, les autorisations de p√™ches ne sont d√©livr√©es que si les personnes acceptent que leurs donn√©es soient enregistr√©es dans la base de donn√©es centralis√©e.

Beaucoup d'espèces menacées vivent dans des fleuves et rivières de plaine fortement perturbés par les activités humaines. La Suisse ne dispose pas aujourd'hui de cours d'eau déclarés d'importance nationale dans lesquels ces espèces rares et menacées bénéficieraient d'une attention particulière dans les négociations des différents intérêts en jeu. La sécheresse extrême de 2022 nous a rappelé de manière édifiante à quel point les derniers habitats restants étaient menacés et, en regard notamment de la situation actuelle en matière de politique énergétique, à quel point il était urgent de les protéger.

Enfin, les prélèvements du Progetto Fiumi et les résultats obtenus jusqu'à présent montrent que la majeure partie des espèces de poissons, et une bonne partie des espèces menacées, vivent dans les grands cours d'eau. À quelques exceptions près, et contrairement à ceux des cours d'eau de moyenne et de petite taille (ce projet) et à ceux des lacs (Projet Lac), les peuplements pisciaires de ces fleuves et grandes rivières, et beaucoup de leurs espèces, n'ont encore jamais été étudiés de manière standardisée en Suisse. Cette lacune doit être comblée de toute urgence afin d'appréhender la diversité des poissons dans sa totalité et, donc, de pouvoir la protéger. Il convient alors également d'étudier et de comparer la diversité au sein d'une même espèce dans les grands et les petits cours d'eau car il est raisonnable de penser que les grands cours d'eau et les petits affluents abritent des variants présentant des adaptations différentes.

 

Bibliographie

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[7]        Conseil fédéral suisse (2017). Plan d'action relatif à la Stratégie Biodiversité Suisse. Berne : Office fédéral de l'environnement (OFEV), https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/biodiversite/info-specialistes/biodiversitaetspolitik/strategie-et-plan-daction-pour-la-biodiversite.html

[8] ¬†¬†¬†¬†¬†¬† Gattlen, N. et al. (2017): Biodiversit√© en Suisse: √©tat et √©volution. Synth√®se des r√©sultats de la surveillance de la biodiversit√©, √©tat 2016. √Čtat de l'environnement n¬į 1630, Office f√©d√©ral de l'environnement OFEV

[9] ¬†¬†¬†¬†¬†¬† Office f√©d√©ral de l'environnement¬†(2022). Liste rouge des poissons et cyclostomes. Esp√®ces menac√©es en Suisse. L'environnement pratique n¬į 2217¬†

[10] ¬†¬†¬† Vonlanthen, P. et al. (2012): Eutrophication causes speciation reversal in whitefish adaptive radiations. Nature 482: 357‚Äď362

[11] ¬†¬†¬† Brodersen, J¬†et al. (2023):Erhebung der Fischbiodiversit√§t in Schweizer Fliessgew√§ssern ‚Äď Progetto Fiumi Schlussbericht, https://doi.org/10.55408/eawag:30020

[12] ¬†¬†¬† Hodapp, D. et al. (2018): Spatial heterogeneity in species composition constrains plant community responses to herbivory and fertilisation. Ecology letters 21: 1364‚Äď1371.

[13] ¬†¬†¬† Alexander, T.J.; Seehausen, O. (2021): ¬ęProjet Lac¬Ľ synthesis report. Diversity, distribution and community composition of fish in perialpine lakes. Eawag

[14]     Kottelat, M.; Freyhof, J. (2007): Handbook of European freshwater fishes. Cornol: Publ. Kottelat

[15] ¬†¬†¬† Vonlanthen, P.; Hefti, D. (2016): G√©n√©tique et p√™che. Synth√®se des √©tudes g√©n√©tiques et recommandations en mati√®re de gestion piscicole. Connaissance de l'environnement n¬į 1637, Berne: OFEV

[16] ¬†¬†¬† Molina, C. (2019): Caract√©risation g√©n√©tique des truites de rivi√®re du Canton Tessin. CAS Poissons d‚Äôeau douce d‚ÄôEurope ‚Äď Ecologie et Gestion., https://m4.ti.ch/fileadmin/DT/temi/pesca/rapporti/CAS__ChristopheMolina_Caracterisation_genetique_des_truites_de_riviere_du_Canton_Tessin.pdf¬†

[17] ¬†¬†¬† Lucek, K. et al. (2018): Distinct colonization waves underlie the diversification of the freshwater sculpin (Cottus gobio) in the Central European Alpine region. Journal of Evolutionary Biology 31: 1254‚Äď1267

[18] ¬†¬†¬† Dermond, P¬†et al. (2019): Heritable morphological differentiation in salmonids from two distinct stream types. Journal of fish biology 95: 1215‚Äď1222

[19] ¬†¬†¬† Dermond, P. et al.(2018): Environmental stability increases relative individual specialisation across populations of an aquatic top predator. Oikos 127: 297‚Äď305

[20] ¬†¬†¬† Araki, H. et al. (2008): Fitness of hatchery-reared salmonids in the wild. Evolutionary applications 1: 342‚Äď355

[21] ¬†¬†¬† Anderson, D. et al. (2015): The impacts of ‚Äėrun-of-river‚Äôhydropower on the physical and ecological condition of rivers. Water and Environment Journal 29: 268‚Äď276

[22] ¬†¬†¬† Lange, K. et al. (2018): Multiple-stressor effects on freshwater fish: Importance of taxonomy and life stage. Fish and Fisheries 19: 974‚Äď983

Biodiversit√© ‚Äď D√©finition, niveaux et importance

Le terme de ¬ę¬†biodiversit√©¬†¬Ľ est tr√®s pr√©sent actuellement. Il est en g√©n√©ral employ√© au sens de diversit√© des esp√®ces mais il englobe bien plus que cela. En effet la biodiversit√© se d√©finit comme la diversit√© de la vie sur Terre et ne comprend pas uniquement celle des esp√®ces mais va de la diversit√© des √©cosyst√®mes aux variations g√©n√©tiques au sein d'une esp√®ce. On distingue d'autre part trois types de diversit√©. La diversit√© alpha (őĪ) correspond √† la diversit√© des esp√®ces √† l'√©chelle locale ou r√©gionale. La diversit√© gamma (ő≥) comprend toutes les esp√®ces pr√©sentes √† grande √©chelle, par exemple dans toute la Suisse. Enfin, la diversit√© b√™ta (ő≤) d√©crit la variabilit√© de la diversit√© alpha d'un lieu √† un autre¬†; elle indique ainsi si √† peu pr√®s les m√™mes esp√®ces sont pr√©sentes dans tous les ruisseaux ou si ces derniers abritent des communaut√©s tr√®s diff√©rentes.

Bien souvent, les projets de gestion et de renaturation des eaux visent la pr√©servation et parfois l'accroissement de la diversit√© sp√©cifique locale (diversit√© alpha). Mais, au-del√†, il est √©galement important, si l'on souhaite √©valuer la biodiversit√©, de tenir compte des diff√©rences entre les communaut√©s (diversit√© b√™ta). Dans diff√©rentes communaut√©s, les m√™mes esp√®ces peuvent assumer des r√īles √©cologiques diff√©rents car une esp√®ce d√©finie peut √™tre fortement influenc√©e par la pr√©sence ou l'absence d'une autre. Une forte diversit√© b√™ta est donc le signe d'une forte diversit√© r√©gionale. √Ä l'inverse, une faible diversit√© b√™ta indique que les communaut√©s se ressemblent beaucoup. Cela peut √™tre le r√©sultat d'actions anthropiques qui ont tendance √† niveler les diff√©rences r√©gionales (par l'introduction d'esp√®ces, l'utilisation des terres, l'am√©nagement des cours d'eau, l'exploitation hydro√©lectrique, etc.) [12].

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